第3話 リダイブ
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久島永一朗が作り上げた人工島の５０年を目の当たりにする波留。メタリアル・ネットワークに新たな海を見た波留は、もう一度、海を感じるために久島の与えた潜脳試験に挑む。二度と海を失いたくない。その思いだけが空転し、波留は試験に失敗してしまう。ダイバーとして必要なものは何か。ミナモによってその答えを見出した波留が、最終試験に挑もうとした時、ブレインダウンが発生する。

第3話　トップシークレット(後編)
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暗殺されたアメリカ前大統領・リードの検視が始まって１週間。薪や青木らは、リードが、一人娘・デボラの勤務先の同僚、マシュー・ハーベイと会っているシーンなど、ごく普通の父親としての大統領の生活を確認した。歴代大統領の中でもっともクリーンといわれるリードの日常にいかがわしいことが入り込む余地はなく、青木はついに弱音を吐く。そして、捜査状況の一部がマスコミに流れてしまい、薪ら第九とＦＢＩ側に不協和音が出始めた。 まもなく、画像分析を行った薪らは、リードが死の寸前に破った紙が２枚あり、それがマシューの写真と待ち合わせ時間と場所を記したメモだったことを突き止めた。ＦＢＩ側の情報を重ね合わせた結果、メモの筆跡、人相などから、なんとマシューが国際手配されていた暗殺者、ロス・マコーレイと同一人物と判明。リードを暗殺した犯人が、行方不明となっているそのマシューらしいと分かった。 資料によると、マシューは、デボラに接近するためにデボラと同じ研究所に入り、３ヵ月前、大統領の誕生パーティーでリードに紹介されていた。その後、マシューは、大統領公邸を自由に出入りしていたらしい。 そんな中、薪らは、３ヵ月前、リードがシークレットサービスを通じてマシューの写真を受け取り、さらに暗殺の３日前、そのシークレットサービスを介してメモを受け取っていたことを突き止めた。リードがなぜマシューの写真を大切に持ち歩き、絶命する直前にそれとメモを破り捨てたのか。その心の闇を解き明かすために、薪らは、再度、リードとマシューの出会いのシーンを分析すると。

第3話 浸食する影
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マスターの店で昶と白銀は親友の賢吾の姉、麻結と会う。何と、麻結には普通の人間には見えないはずの白銀の姿が見えるらしい。無類のイケメン好きの麻結から早々と立ち去る二人。しかし、その夜賢吾の家で再会した麻結の様子がおかしい。心の闇に付け込んだコクチが寄生したのだ！自らの欲望のままに暴走する麻結から、昶はコクチを追い出す事が出来るのか。

第1話　妖怪の棲む街
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友達の青木がお風呂場から消え、その後には藻みたいなものが残されていたという話を聞いて、自分たちのしでかしたことによる妖怪のたたりではないかとこわがる白石でしたが、黒田は取り合おうとしません。しかし一緒にいた赤井もトイレで行方不明になってしまいます。それを目撃していた黒猫からの知らせで、妖怪が出たらしいことを知ったネコ娘は、妖怪横丁のはずれに住むゲゲゲの鬼太郎に急いで知らせにいくのでした。茶碗風呂を楽しんでいた目玉おやじと鬼太郎は、ネコ娘から人間の街に妖怪が出たとの情報を聞かされます。

第2話　ビビビ！ネズミ男
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ゴミ箱をあさって食べ物を探していたねずみ男は、ゴミの中に、まだ動くノートパソコンを発見し、あるデータを見つけました。数日後、妖怪横丁にピカピカの新車に乗って、上等な服を着たねずみ男が現れます。ねずみ男はパソコンに根津三男という悪徳建設業者の社長のアドレスを見つけ、メールを出して、自分を売り込んで採用してもらうことに成功したのでした。親友のよしみで部下にしてリッチな思いをさせてやるという申し出を鬼太郎は断ります。怒って妖怪横丁を去ったねずみ男から死の匂いがしたと、かわうそは鬼太郎に告げるのでした。

第3話　妖しき旋律！夜叉
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ここ一ヶ月に１０人の人間が原因不明の怪病で倒れ、魂を抜かれたような状態になっているという事件がおこっていました。ネコ娘は、自分がアルバイトしている店の常連客がその病気で倒れたので見舞いに行ったところ、妖怪の匂いをかぎつけたので、鬼太郎に知らせに来たのでした。その妖怪とは、夜叉（やしゃ）、おそるべき強敵です。以前、戦って倒したはずなのにと疑問に思う鬼太郎でしたが、目玉おやじは、夜叉は嫉妬や憎しみなどの醜い人の心から生まれた邪悪な鬼とも言われており、再びあらわれても不思議ではないと語るのでした。

第4話　男！一反もめん
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風邪をひいて入院している妊娠中の母親を見舞いに行くために近道した海岸で、綾は桃色の貝殻を拾いました。母親は、最近、海辺で子供たちが波にさらわれて行方不明になる事故が続いているので、気をつけるようにと注意します。帰りも海岸を通った綾は、タオルが落ちているのを見つけますが、それは水にぬれて動けなくなっていた一反もめんでした。そこに波が迫ってきたので、一反もめんは力を振り絞って綾を抱えて飛び、助け出したところで力尽きてしまいます。家に連れ帰られ干して繕ってもらった一反もめんは、綾と仲良くなるのでした。

第5話　呪われた映画
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２０年に一度、ジャングルの奥から落ち武者の亡霊があらわれて若い娘をさらっていくというＢ級ホラー映画「クメール遺跡の亡霊」の撮影スタジオの前で、２０年前の出来事を回想する男がいた。この映画は２０年前にも製作され、今回は３度目のリメイクだった。男は、セットで休憩していた新人製作スタッフの小林に、２０年前に妖怪によって人が喰われてしまった事件のことを話し、この映画の撮影を中止するようにせまる。男は、当時のカメラマン木村で、撮影助手が２人行方不明になった事件の犯人として疑われ、撮影所を去った人物だった。

第6話　大パニック！妖怪横丁
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人間の街の路地裏に妖怪たちの住む街、妖怪横丁があった。妖怪長屋では、大家の砂かけ婆が若返りの砂を調合していたが、失敗して爆発してしまう。煙におどろいた住人の子泣きじじい、傘化け、呼子、かわうそ、ろくろ首、が火事と勘違いして水をかけるが、逆切れした砂かけ婆は怒って、たまった家賃を請求するのだった。月に一度の妖怪市場は、カッパや天狗の子、油すまし、ねずみ男までが店を出してにぎわっていた。家賃の足しにするために身の回りのものを売らされる住人たちだったが、全然売れず、逆に砂かけ婆のツケで買い物をする始末だった。

第7話　燃えろ！目玉おやじ
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花火見物に来た鬼太郎たちだったが、目玉おやじは花火が怖くて気絶してしまう。次の日、介抱する鬼太郎たちの元に妖怪ポストからの手紙がもたらされる。東北の村の子供からで、どうやら人間の世界で妖怪が被害にあう事件がおこっているらしい。情報を求めて、夜行のところへ行ったみんなは、座敷童子が氷付けにされてしまったことを知る。雪女の仕業だ。そして雪女は、人間と暮らす妖怪を次々と襲いながら、南下してきているというのだ。今までになかった雪女の行動に、よほどの理由があるのかと目玉おやじは不審に思うのだった。

第8話　宿敵！ぬらりひょん
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妖怪によって爆破され、崩れる建物の下敷きになりそうになった女学生を、鬼太郎は間一髪で助ける。一方、ねずみ男は何者かから力を借りたいとの手紙をもらって、あるビルを訪れるが、そこには日本の悪党妖怪の総大将ぬらりひょんと、蛇骨ばばあ、朱の盤が待ち受けていた。ぬらりひょんは、鬼太郎の強さの秘密は、祖先の霊毛で編まれたちゃんちゃんこ、本人の生命力による多彩な技、そして仲間の人間や妖怪たちとの心のつながりだと分析して、それを封じて抹殺する計画を立てており、ねずみ男にも協力するよう、脅迫するのだった。

第9話　ゆうれい電車 あの世行き
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ネコ娘が働いているラーメン屋に来た客、吉永は、他の客が幽霊やオバケを信じるかという話をしているのを聞き、そんなものはいないと腹を立て、後輩の木下が止めるのもきかずに因縁をつけようとする。さらに吉永は注意するネコ娘を乱暴におしのけ、それをとがめて、あなたはひどい人間だと非難した鬼太郎をなぐりつけた。木下をつれて店を出ようとする吉永に、鬼太郎はオバケはいて、すでに目の前にいるかもしれないと忠告する。くやしがって追いかけようとするネコ娘だったが、鬼太郎は彼はこのままではすまないと言って止めるのだった。

第10話　荒ぶる神！雷獣
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白神山の工事現場で働いている父、鈴村勇作にお弁当を届けに行こうとする翔子と、友達の孝太と順平は、途中でおかしな雷が鳴るのを聞く。工事現場では、お種ばあさんを始めとする古老たちが、村長に工事を中止するように訴えていた。だが、いかずち岩を壊すと雷獣が怒り出すという話は取り合ってもらえない。ブルドーザーがいかずち岩を移動させた途端に、強い雷が落ち始めた。落雷は次々と重機をおそい、木を倒し、クレーンをへし曲げる。雷をさけて身を伏せた翔子たちは、クレーンの上で雷を吐き出す、怒れる雷獣の姿を見るのだった。

第11話　おばけ漫才
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目玉おやじは最近、田中太郎と山田太郎が組んだタロウズという漫才コンビのギャグにはまっていた。が、鬼太郎には全然面白いと思えない。実際、タロウズは商店街のイベントでも全然うけず、事務所で怒られ、全日本お笑いグランプリで優勝してブレイクした後輩のジロウズに馬鹿にされ、わびしい生活を送っていた。一方、妖怪横丁で久々の興行をうっていた白山坊は、出し物が昔と変わらないので全然うけずに困っていた。その様子を客席で見ていたねずみ男は、漫才師の生霊を出すというアイデアを思いついて、白山坊にもちかける。

第12話　霊界からの着信音
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ゴミ捨て場でねずみ男は食べ物をあさっていたが、あるのはテレビや冷蔵庫や洗濯機など、まだ使えそうな家電ばかり。ゴミを捨てにきた不法投棄業者は、現場を目撃したねずみ男を始末しようとするが「いつまでも・・・いつまでも・・・」という声とともにあらわれた妖怪に食べられてしまう。そこに一反もめんに乗って鬼太郎があらわれ、ぬりかべ、砂かけばばあ、子泣きじじい、ネコ娘の協力で妖怪を倒す。妖怪の正体を聞かれた目玉おやじは、今までに見たことのないもので、時代が変われば妖怪の姿形、生まれた理由も変わるのだと答える。

第13話　奮闘！ぬりかべ用心棒
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夜、毒液をたらしながら動き回る謎の妖怪。夜道を歩いている女性を襲おうとするが、そこにぬりかべが立ちはだかった。呆然とする女性からお礼をもらおうとするねずみ男だったが、ぬりかべはそれをたしなめる。押しつぶされた妖怪は輝く欠片になっており、ねずみ男はそれを集めて何か商売をしている様子だった。妖怪横丁では、ぬりかべが妖怪長屋を出て一軒家を自分で建てようとしていた。みんなが感心している中、鬼太郎はぬりかべが何故こんなに材料を買えるほどのお金をかせげたのか疑問に思い、なにか裏があるのではと考えるのだった。

第14話　鬼太郎死す!?牛鬼復活
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蜘蛛島の長老の孫、正行は、ねずみ男の紹介により、禁断の地である牛鬼岬で雑誌の取材を受けていた。この島に伝わる牛鬼伝説、それは牛の角に蜘蛛の身体を持つ巨大な妖怪が、数百年前に瀬戸内海の島々を全滅させたというものだった。そこにあった牛鬼の封印石を動かすことを要請されたねずみ男は、一度は断るが、お金に釣られて応じてしまう。 その晩、島は牛鬼に襲われた。一人、また一人と蜘蛛の糸に絡め取られていく。長老はみんなに、社で迦楼羅様に祈るように訴えるが、正行を始め、誰も逃げることに精一杯で耳を貸そうとしなかった。

第15話　働く！目玉おやじ
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夕方、家路につく人たちに混じって川べりを散歩していた鬼太郎は、自転車に乗る少年を見て、自転車って便利で気持ちよさそうでいいなとつぶやく。帰って茶碗風呂に入りながら、目玉おやじは鬼太郎が父の日に日本の名湯の入浴剤をプレゼントしてくれたことを思い、自分も父親らしいことをしてやりたいと考えた。そしてさっきの鬼太郎の言葉を思い出し、自転車をプレゼントしてやろうと決意する。そのためにはお金を稼がなくてはいけない。目玉おやじは、鬼太郎を驚かすために、内緒で妖怪横丁で仕事を探して、働くことにしたのだった。

第16話　妖怪はゲームの達人？!
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学校の休み時間、チャイムがなるのも忘れてカードゲームに熱中する少年たち。その中の一人、卓也がその晩、部屋でカードを見ていると、学校に置いてきたはずのカードデッキがあらわれ、姿の見えない何者かの声にゲームをしようとさそわれる。卓也が勝つと、声の主は10年分の寿命だと言って、宝石のようなものを差し出した。卓也が負ければ、もちろん寿命を取られるのだという。またゲームをしようという申し出を、卓也は思わず受けてしまう。声の主は卓也の右腕に印をつけ、自分のねぐらである学校で待っていると言い残して去っていった。

第17話　さすらいの蒼坊主
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悪い妖怪の封印を見るために全国を回っている蒼坊主は、妖怪横丁に向かっていたが、方向音痴なため道に迷ってしまう。呼子を呼んで妖怪横丁に案内してもらった蒼坊主を、妖怪たちは温かく迎える。鬼太郎にとっては蒼兄さんと呼ぶほど慕っている恩人だった。蒼坊主は目玉おやじに、飛騨の天狗たちからの贈り物である古今東西妖怪大図鑑、略して古今をわたす。これは風の噂を吸って自動的に妖怪の情報を書き足していくという秘宝だった。ところが、古今は意志を持っており、ねずみ男が下心を持っているのを察して、外へ逃げ出してしまう。

第18話　古城に光る黒い眼
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鬼太郎はアリア・ブレスタインという大富豪に招かれ、ネコ娘とねずみ男を連れてドイツに来ていた。今回は目玉おやじが夏風邪をこじらせて同行できなかったので、代わりに幽霊族に代々伝わるお守りの霊界符を持たされていた。彼女の城では夜な夜な怪奇現象が起こり親兄弟も出て行ってしまっていた。アリアは芸術家だった祖父の残したこの城を守りたいがために、今までにも国内外から何人もの悪魔払いや心霊研究家を呼び寄せたのだが、みんな姿を消してしまったというのだ。事情を話している時、急にアリアが鬼太郎を窓から突き落とした！

第19話　河童池の相撲大会
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慕っていた山下先生がいなくなったと聞いてショックを受けた里見は、思い出の池に向かう。山下先生は、昔この池で河童と相撲をとったことがあり、それ以来、相撲が大好きになって、もう一度河童と相撲をとれるなら河童になってもいいと話していた。そのため、みんなから河童先生とあだ名され親しまれていたのだった。実は池の底には河童の国があった。池が埋め立てられることを知った河童たちは騒然となる。シバテンは人間と戦争を主張し、平和的解決を望むカンキチと対立、そこで河童の国の村長ガラッパは、鬼太郎を呼ぶことを提案する。

第20話　闇からの声！幽霊スポット
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廃病院に探検に入って、記念写真を撮ろうとした子供たちは、黒い煙があらわれ「うわん」という声を聞いて逃げ出した。このように「怪奇！幽霊スポット」という本に書かれた場所には、本当にお化けが出ると評判になっていた。だがライターの蛭田は、お化けや幽霊を信じてはいなかった。ファミレスのバイトをしていて本のことを知るネコ娘。一方、ねずみ男はその本に書かれている幽霊スポットを案内する企画を立て、金儲けしようとしていたが、黒い煙とともに「うわん」という声を聞き、廃マンションから落とされて怪我をしてしまう。

第21話　首ったけ？妖怪恋物語
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砂かけ婆にたまった家賃の取立てをされ、働いて稼ぐようにせまられた傘化け、呼子、ろくろ首たち。妖怪横丁も不景気で仕事が無いので、ろくろ首はネコ娘の紹介で鴉山大学の購買部でアルバイトをすることにした。しかし慣れない人間界での仕事にドジばかり。そんな中、購買部にパンを買いに来た青年、鷲尾誠に恋してしまうのだった。だが、この大学では最近、仲の良いラブラブの恋人同士が、突然破局するということが頻発していた。決まって女性の方から別れを告げ、その顔はすごく青白くなっているという。それは、ある妖怪の仕業だった。

第22話 ニセ鬼太郎現る！！
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その日、鬼太郎はついていなかった。茶碗を割ってしまい、買出しに行く途中で下駄の鼻緒が切れ、せっかく買った茶碗も自転車にぶつかりそうになって、また割れてしまう。割れた茶碗を捨てに行ったゴミ捨て場で、目玉おやじはお釜が捨てられているのを発見した。自分の風呂にしようと思い立った目玉おやじに、お釜を持って帰るように頼まれた鬼太郎だったが、手がすべってお釜を落としてしまう。その拍子でフタが開き、風が吹き込んで妖怪釜鳴りが姿をあらわした。相手が鬼太郎だと知った釜鳴りは、お釜に鬼太郎を吸い込んでしまう。

第23話 美食家！？さざえ鬼
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残暑の厳しい中、鬼太郎と目玉おやじは、三食をもらいもののそうめんですごしていた。無駄なお金を使わないようにして、目玉おやじの欲しがっているダイエットマシーンを購入するためだった。食後に昼寝しようとする鬼太郎の前に、水着姿のネコ娘があらわれる。海の見えるホテルのプールのタダ券をバイト先でもらったので、鬼太郎を誘いに来たのだ。しかし鬼太郎は、暑いしお腹も空くからとすげなく断る。仕方がないので、ネコ娘は、妖怪横丁の女性たちと行くことにし、砂かけ婆、お歯黒べったり、ろくろ首とバカンスを楽しむのだった。

第24話 夢の中の決闘！枕返し
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鬼太郎は目玉おやじの寝言のため、寝不足で、砂かけ婆に眠り砂を調合してもらうことにした。その晩、眠り砂のおかげでぐっすり眠れた鬼太郎だったが、不思議な夢を見る。少年と動物たちがスペースシャトルに乗って、宇宙遊泳をしているのだが、そこに妖怪があらわれて、夢を壊していくのだ。鬼太郎は止めようとして髪の毛針を撃つが、妖怪の能力でＵターンさせられ、自分の腕にささってしまう。その様子を見つめる別の少年がいるのを意識したところで目が覚めたのだが、腕には髪の毛針がささっていた。ただの夢ではなかったのだろうか？

第25話　妖怪大運動会
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10年に一度の、妖怪大運動会がせまっていた。東西南北の４チームに分かれて優勝を競うのだが、妖怪横丁のみんなが所属する東組はここ300年優勝を逃しており、地元開催である今回こそ優勝したいと、油すましは檄を飛ばす。コーチとして張り切る目玉おやじだが、鬼太郎はあまりやる気がなかった。みんなが特訓している最中、お天気雨が降ってきた。鬼太郎はある気配を感じて、その気配の元を探しに行く。実は雨降り小僧が近くに来ていたのだ。雨降り小僧は、自分が行くと運動会が雨で中止になってしまうから、今まで遠慮していたのだった。

第26話　妖怪アイドル!?アマビエ
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ぬらりひょんと鬼太郎たちが戦っている最中、蛇骨婆は屋上から皆殺しの矢で鬼太郎を狙っていた。それに気付いた砂かけばばあは、矢を鬼太郎からそらす代わりに、自分の腕に傷を負ってしまう。それを見たぬらりひょんは、朱の盤とともに引き上げてしまった。鬼太郎は今回のぬらりひょんの行動に不審を抱く。実は、ぬらりひょんは一時的にバッ